园区经济运行机制是指本区经济系统在实现其整体功能和目标的过程中表现出来的各要素之间的内在联系和相互作用关系。一个健全、灵活和畅通的运行机制，是该区经济实现可持续发展的关键。根据本区经济系统的构成，其经济运行机制主要由开发主体机制、要素配置机制、企业聚集机制等组成。它们相互联系，又相互区别，具体如下：
1.农业产业园区开发主体机制
由于农业产业园区规模比较大，小则数千亩，大则几百平方公里，包括农业、森林、水库、文化等多种景观，其内部可以组成多样化的产业组织主体，比如旅游景区、休闲度假、生态工业等，故而有多样化的开发模式。
2.农业产业园区要素配置机制
农业产业园区是一个由技术、人才、资金、土地、信息、市场、管理等要素组成的系统。要素配置机制是园区经济运行机制的核心。要素的配置过程，实质就是经济系统不断与外界进行物质、能量和信息交换的过程，也是园区成长的过程。园区要素配置机制的选择决定着其产业的聚集速度和整体运行效率。要素配置机制包括资金筹集机制、风险投资机制、人才激励机制等。
3.农业产业园区企业(产业)集聚机制
完善的基础设施和发达的市场机制只是实现园区经济目标的必要条件，要使园区成为真正的增长极，必须依靠企业的大量衍生和聚集。园区企业(产业)集聚机制也叫企业(产业)“嵌入”式增长机制，是指企业在内外力作用下向区内集聚。根据园区企业(产业)聚集行为的动力和原因，可将企业(产业)向区内的聚集分为两种，即政府导控的聚集和市场导控的聚集。前者经常会导致若干不相关企业的空间集中，后者才会形成经典式的产业聚集整合。
农业产业园区三大机制既相互区别，又相互联系，只有各个环节相互配合，共同作用于系统中的各要素，才能够有效的推动系统协调、有序、稳定运转，最终实现园区的经济发展目标。
