由于农业产业园区规模比较大，小则数千亩，大则几百平方公里，包括农业、森林、水库、文化等多种景观，其内部可以组成多样化的产业组织主体，比如旅游景区、休闲度假、生态工业等，故而有多样化的开发模式。
就现在而言，农业产业园区的主要运作模式有以下三种。
1.新型合作经济组织+农户+基地+标准
鼓励农户进行生态农业活动，符合生产标准的农户联合起来组成合作社、农民协会等新型合作经济组织，新型合作经济组织作为一个法人、实体，通过与入会(社)农户签订生产供销合同，组织、约束农户按照农业标准、技术规程的要求进行农产品生产，合作社负责统一的加工、包装、储运、销售工作等。
2.企业+农户+基地+标准
由农产品加工企业根据所需农产品的质量标准，与符合生产标准要求的农户签订购销合同，将农户的田地作为企业的生产基地，不定时的采摘、购买，共同组织农业标准化生产。
3.公司+基地+农户+基地+标准
由开发公司组织质量标准认证或者注册商标，根据质量标准要求制定生产标准，组织农民在基地进行生产，公司规划建设基地，管理农户的生产，负责产品标准的贯彻实施和最终的产品销售。这种模式基地不属于农户，更符合公司的生产要求，是开发公司主导的运行模式。
农业产业园区的开发模式侧重点不同，各具特色。开发商应根据自身具体的要求以及区域现状条件合理选择，争取获得最大化的收益，发挥农业产业园在农业经济中的龙头作用。
