(1)进一步强化了农民合作社的地位和作用
《决定》指出：“经济体制改革是全面深化改革的重点，核心问题是处理好政府和市场的关系，使市场在资源配置中起决定性作用和更好发挥政府作用。”改革35年来的经验证明，在农业农村改革和发展领域，农民合作社是联结政府和市场的最有效中间环节，已经并正在发挥着不可替代的作用。可见，十八届三中全会是农民合作社发展的最佳机遇。
《决定》指出：“坚持家庭经营在农业中的基础性地位，推进家庭经营、集体经营、合作经营、企业经营等共同发展的农业经营方式创新”，也就是说，未来的农业经营主体至少由四大部分组成，合作经营是其中之一，它们共同推进农业经营方式创新。作为在农业中处于基础地位的家庭经营，其未来的发展方向一定不会是单打独斗，而是主要以合作社的形式结合在一起。截止到2013年第二季度，全国依法登记合作社82.8万家，实有入社成员超过6540万人(户)。也就是说，约占全国农户总数的25.2%都加入了合作社。企业经营并不完全是企业直接从事农业生产活动，而主要是以“公司+合作社+农户”的形式为农户提供完善的产前、产中、产后服务，提升农产品附加值，让农民分享二、三产业增值收益。而集体经营的具体实现形式就是社区股份合作社，因此，在《决定》所描绘的新型农业经营体系中，合作社实质上处于核心环节。
(2)随着十八届三中全会精神的落实，农民合作社能够得到的财政支持将会更多，政策更优惠，经营范围更宽
《决定》指出：“允许财政项目资金直接投向符合条件的合作社，允许财政补助形成的资产转交合作社持有和管护，允许合作社开展信用合作。”这句话具有三层政策含义，一是所有财政支持农业项目都可以直接投放到符合条件的合作社。随着财政体制改革步伐的加快，财政投入到农业领域的普惠式项目会越来越多，合作社能够得到的补助也会日益增加。而所谓“符合条件的合作社”首先应该是规范的，不规范的合作社无法得到政府的资助，因此，合作社的发展随着国家财政补贴的增加必然会越来越规范。二是财政补助形成资产的所有权是国家的，合作社可以成为其管理者和使用者，这就大大增加了合作社实际占有的资产数额，从而也就大大提高了合作社为成员服务的能力。三是多年来一部分合作社开展内部信用合作的尝试将合法化，广大农民再不会因合作金融的实践而担心被取缔。
(3)《决定》指出要“发展壮大集体经济”
集体经济的发展形式是什么?那就是“保障农民集体经济组织成员权利，积极发展农民股份合作”，即农村社区股份合作社。其实质就是把集体资产数量化到符合一定条件的每个农村社区成员，把集体所有制中名义上的“人人有份”真正落实，农民就从名义主人变成实际主人，从而能够切身感受到社区集体资产和自己的关系，真正关心集体资产的增减变化。不仅如此，按照《决定》的要求，“农民对集体资产股份有占有、收益、有偿退出及抵押、担保、继承权”，即农民可以灵活运用属于自己的集体资产，不仅具有收益权，还可以因迁移到城镇或其他农村社区而获得补偿，并且可以到银行进行抵押、担保，从而获得金融服务。这些规定实质上能够提升农村集体资产的价值，促进农村社区股份合作社的发展。
4、合作社的相关惠农政策
(1)《中国农村扶贫开发纲要(2011-2020年)》
《中国农村扶贫开发纲要(2011-2020年)》所提出的扶贫政策有两大亮点，一是大幅度提高了扶贫标准，我国以前的扶贫标准较低，中央经过反复研究之后明确提出，新的扶贫标准一次性提高了92%;二是确定11个连片特困地区作为扶贫攻坚主战场。
(2)农地确权、宅基地确权，农地入市
增加了农民的财产权利，用5年时间基本完成农村土地承包经营权确权登记颁证工作，妥善解决农户承包地块面积不准、四至不清等问题。加快推进征地制度改革，提高农民在土地增值收益中的分配比例，确保被征地农民生活水平有提高、长远生计有保障等，农地入市，抵押贷款，有助于盘活土地。
部分地区对合作社土地流转优惠补贴，十八届三中全会鼓励土地向合作社流转，静待以后各地出台土地优惠政策。对农民专业合作社创办农业科技示范基地、养殖基地以及发展花卉苗木所需用地，在不改变农用地用途的情况下，依法给予积极支持。鼓励农民专业合作社兴办农产品加工企业，所需用地涉及农用地转用的，由国土资源行政部门优先安排农用地转用计划指标。
(3)降低农产品流通费用
降低农产品生产流通环节用水电价格和运营费用，规范和降低农产品市场收费，强化零售商供应商交易监管，完善公路收费政策，加强重点行业价格和收费监管，加大价格监督检查和反垄断监管力度，完善财税政策，保障必要的流通行业用地，便利物流配送，建立健全流通费用调查统计制度。
(4)适当加大资金扶持力度
国家支持农民专业合作社开展信息、培训、农产品质量标准与认证、农业生产基础设施建设、农村现代流通网络建设、市场营销和技术推广等服务。各项支农资金包括现代标准农田建设、标准化生产与无公害基地建设、农产品市场营销、农业产业化、测土配方施肥及引进新品种、新技术等专项资金，将适当向农民专业合作社倾斜。
(5)提供优质金融服务
将开展农民专业合作社的信用等级评定，对于在工商行政部门登记的农民专业合作社，在各种贴息贷款项目和小额贷款上给予倾斜。农村信用社将积极调整信贷结构，合理安排资金，对规范经营、符合贷款条件、生产经营正常、经营收入稳定、有还款能力的农民专业合作社，优先给予贷款支持。
(6)与农民专业合作社有关税收政策
对农民专业合作社销售本社成员生产的农业产品，免征增值税及生鲜农产品流通环节税费减免政策。一般纳税人从农民专业合作社购进的免税农业产品，可按13%的扣除率计算抵扣增值税进项税额。合作社向本社成员销售的农膜、种子、种苗、化肥、农药、农机，免征增值税。对农民专业合作社与本社成员签订的农业产品和农业生产资料购销合同，免征印花税。
